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皆で集まってGTEx論文を一気に輪読する会

日時 :
2018/01/24 (水) 18:00 ~ 21:30
定員 :
40人
会場 :
理化学研究所 革新知能統合研究センター オープンスペース(東京都中央区日本橋1-4-1 日本橋一丁目三井ビルディング 15階)
主催者 :

Update

2018/01/16 株式会社Rhelixaによるご支援をいただけることが決まりました。

  • 2018/01/10 読み会用のSlackの招待リンクを公開しました。また、タイムテーブルも公開しました。
  • 2018/01/09 会場を調整し、2017/12/19までに申し込んだ補欠の方の参加が可能になりました。発表を申し出ていただいている方は発表のご準備をお願いいたします。
  • 2017/12/19 申し込み多数につき前倒しで締め切らせていただきました。現在会場を拡張可能か検討中です。

概要

The Genotype-Tissue Expression (GTEx) projectは、ヒト由来の様々な組織検体を用いて遺伝的変異の遺伝子発現への影響(expression QTL (eQTL))を大規模に調べ、データベースとして公開しているプロジェクトです。

ゲノム医療やPrecision medicineといったキーワードが重要視される昨今、eQTLは様々な研究の現場で役立つと期待されます。
例えば、表現型と遺伝型の関連を調べるゲノムワイド関連解析(GWAS)において、見つかる遺伝的変異の多くがタンパク質コード領域の外側に含まれ解釈が難しいという問題があります。
ヒトの網羅的なeQTLの情報はそのような非コード領域の変異の解釈を容易にする可能性があります。

GTExプロジェクトからは2017年現在までに23報の論文、2報のプレプリントが公開されています
これらの論文を読み通すことで、GTExからどのようなデータが公開され、遺伝子発現制御についてどこまで明らかにされ、各分野の研究にどう応用できるかを学ぶことができる期待されます。
しかし、論文がたくさんあるので、一人で読むのは大変。というわけで「皆で集まってGTEx論文を一気に輪読する会」を開催します。

アカデミアの学生・研究者、企業の方の積極的な参加をお待ちしています。また、医学系・生物学系の方のみならずウェブ系・機械学習系の方も歓迎いたします。

対象となる論文はこちらです: https://www.gtexportal.org/home/publicationPage

Sponsored by 株式会社Rhelixa

重要連絡

1. 全ての参加者の方へ

当日はチャットツール Slack を用いて「質問の投稿」および「発表資料の共有」を行います。 参加者が質問をSlackで投稿し、司会者がその中からピックアップして発表者に質問する、という形式にします。そのため、Slackへのログインの確認をあらかじめお願いします

  • 招待リンクからログインできることの確認
  • #questions チャンネルへ移動できることの確認

ご不明な点などありましたら、コメント欄もしくはメッセージにてお知らせください。

2. 発表者の方へ: 発表資料の事前共有のお願い

発表時間が短いため、発表資料については基本的に①論文の要約、②技術や知見の新しい点、③どう使えるかの3点のエッセンスをまとめる形でお願いします。

また1月23日 (火)までに以下のいずれかの方法で発表資料の事前共有をお願いします。

  • SlideShareなどの公開リンクをSlackの #slides チャンネルに貼り付ける
  • Google DriveやDropboxなどの共有サービスのリンクをSlackの #slides チャンネルに貼り付ける
  • スライドのファイル(PDF形式)を直接Slackの #slides チャンネルに貼り付ける

当日の注意事項

会場へのアクセス

http://www.riken.jp/access/tokyo-map/

15階の外来者用入口まで直接お越しください(特に手続きは必要ございません)

懇親会

終了後、ささやかな懇親会を予定しています。懇親会参加希望の人は、当日受付にて名簿の「懇親会参加」の欄にチェックをお願いします。

質問の投稿方法

チャットツール Slack を用いて「質問の投稿」および「発表資料の共有」を行います。招待リンク からログインをお願いします。

Slackにログイン後、 #questions チャンネルに移動し、質問・コメントを書き込むことができます。 その際に、#01 #02 というように「#2ケタの演題番号」をつけるようお願いします。

タイムテーブル

以下に暫定的なプログラムを掲載しました。たくさんの発表者の方にご登録いただきましたので、一人発表8分(うち通常質疑2分)の時間厳守でよろしくお願いいたします。ご自身でPCを持ち込んでいただき、プロジェクターで発表をお願いします。

やむを得ない事情で発表時間の変更などを必要とされる場合には、コメント欄もしくはメッセージにてお知らせください。

Time Name Article
18:00~ アナウンス 諸注意+スポンサードトーク by 株式会社Rhelixa
kohei hamanaka #01 The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project
nakaneko143 #02 The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans
Y-h. Taguchi #03 Genetic effects on gene expression across human tissues
ryamasi #04 Enhancing GTEx by bridging the gaps between genotype, gene expression, and disease
18:37 休憩
shu65 #05 A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data
MasatoMiyahara #06 Assessing allele-specific expression across multiple tissues from RNA-seq read data
ぷ... #07 Effect of predicted protein-truncating genetic variants on the human transcriptome
Akitod #08 The landscape of genomic imprinting across diverse adult human tissues
yaoki@tohoku #09 Sharing and specificity of co-expression networks across 35 human tissues
おだまめ #10 The human transcriptome across tissues and individuals
fumi_atnd #11 Survey of the Heritability and Sparse Architecture of Gene Expression Traits across Human Tissues
akiramitsui #12 Imputing gene expression in uncollected tissues within and beyond GTEx
19:49 休憩
n0rr #13 Profiling adaptive immune repertoires across multiple human tissues by RNA Sequencing
anti plastics #14 Exploring the phenotypic consequences of tissue specific gene expression variation inferred from GWAS summary statistics (Integrating tissue specific mechanisms into GWAS summary results)
friend1ws #15 Co-expression networks reveal the tissue-specific regulation of transcription and splicing
emihat #16 Quantifying the regulatory effect size of cis-acting genetic variation using allelic fold change
gggtta #17 Identifying cis-mediators for trans-eQTLs across many human tissues using genomic mediation analysis
20:37 休憩
100%あきら #18 Landscape of X chromosome inactivation across human tissues
fukunagaTsu #19 Dynamic landscape and regulation of RNA editing in mammals
MasamiT #20 Massively parallel single-nucleus RNA-seq with DroNc-seq
Taitsu #21 The impact of structural variation on human gene expression
taendo #22 Estimating the causal tissues for complex traits and diseases (Improving genetic diagnosis in Mendelian disease with transcriptome sequencing)
yuifu #23 The impact of rare variation on gene expression across tissues
21:30 クロージング
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gggtta
gggtta - (2017/12/14 (木) 20:40)
Identifying cis-mediators for trans-eQTLs across many human tissues using genomic mediation analysisを読みます。松本@RIKEN
Y-h. Taguchi
Y-h. Taguchi - (2017/12/14 (木) 20:44)
https://www.nature.com/nature/journal/v550/n7675/full/nature24277.html
Genetic effects on gene expression across human tissues
を読みます。
fukunagaTsu
fukunagaTsu - (2017/12/14 (木) 20:49)
Dynamic landscape and regulation of RNA editing in mammals
https://www.nature.com/articles/nature24041
を読みます。 福永@東大

yuifu
yuifu - (2017/12/14 (木) 20:54)
The impact of rare variation on gene expression across tissues https://www.nature.com/articles/nature24267 を読みます。尾崎@理研
ryamasi
ryamasi - (2017/12/14 (木) 21:05)
Enhancing GTEx by bridging the gaps between genotype, gene expression, and disease
https://www.nature.com/articles/ng.3969
を読みます。
山下@東北大
Taitsu
Taitsu - (2017/12/14 (木) 21:07)
The impact of structural variation on human gene expression
http://dx.doi.org/10.1038/ng.3834
を読みます。
100%あきら
100%あきら - (2017/12/14 (木) 21:09)
Landscape of X chromosome inactivation across human tissues
Nature. 12 Oct 2017. 550: 244-248. Epub 11 Oct 2017. doi:10.1038/nature24265
https://www.nature.com/articles/nature24265
をよみます。
わたなべ@CiRA
shu65
shu65 - (2017/12/14 (木) 22:59)
A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data
を読めたら読みます。(有料なので断念するかも)
鈴木@PFN
Y-h. Taguchi
Y-h. Taguchi - (2017/12/14 (木) 23:11)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4552594/
A gene-based association method for mapping traits using reference transcriptome data
PMC centralにあるみたいですよ。
MasamiT
MasamiT - (2017/12/14 (木) 23:49)
Massively parallel single-nucleus RNA-seq with DroNc-seq
Habib N, Avraham-Davidi I, Basu A, Burks T, Shekhar K et al.
Nature Methods. 2017. 14:955-958. Epub 28 Aug 2017. doi:10.1038/nmeth.4407
http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4407
を読みます。
friend1ws
friend1ws - (2017/12/15 (金) 00:42)
Co-expression networks reveal the tissue-specific regulation of transcription and splicing
を読みます。よろしくお願いいたします。
白石@東大医科研
Akitod
Akitod - (2017/12/15 (金) 08:56)
The landscape of genomic imprinting across diverse adult human tissues. を読みます。よろしくお願いいたします。 土橋@がん研有明
fumi_atnd
fumi_atnd - (2017/12/15 (金) 10:41)
Survey of the Heritability and Sparse Architecture of Gene Expression Traits across Human Tissues
http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1006423
を読みます。よろしくお願い致します。 竹内@国際医療研究センター
antiplastics
antiplastics - (2017/12/15 (金) 10:43)
Exploring the phenotypic consequences of tissue specific gene expression variation inferred from GWAS summary statisticsを読みます。内容的に、shu65さんの後の順番のほうがいいと思います。
あと
RNA-SeQC: RNA-seq metrics for quality control and process optimization
を1分で説明します
露崎@RIKEN AC
shu65
shu65 - (2017/12/15 (金) 11:10)
おお!田口先生、教えていただきありがとうございます
Y-h. Taguchi
Y-h. Taguchi - (2017/12/15 (金) 11:19)
どういたしまして。発表を楽しみにしています!
nakaneko143
nakaneko143 - (2017/12/15 (金) 11:28)
The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans を読みます 芳村@理研
ぷ...
ぷ... - (2017/12/15 (金) 13:17)
Effect of predicted protein-truncating genetic variants on the human transcriptome をまとめます。かわぐち@産総研
yaoki@tohoku
yaoki@tohoku - (2017/12/15 (金) 13:58)
Sharing and specificity of co-expression networks across 35 human tissues を読みます。よろしくお願いいたします。青木@東北大
taendo
taendo - (2017/12/15 (金) 15:37)
Improving genetic diagnosis in Mendelian disease with transcriptome sequencing を担当します。 遠藤@理研
akiramitsui
akiramitsui - (2017/12/15 (金) 17:40)
2016 Imputing gene expression in uncollected tissues within and beyond GTEx を担当します。
おだまめ
おだまめ - (2017/12/17 (日) 18:28)
2015 The human transcriptome across tissues and individuals を読みます。よろしくお願いします。
MasatoMiyahara
MasatoMiyahara - (2017/12/18 (月) 11:44)
2015 Assessing allele-specific expression across multiple tissues from RNA-seq read data を担当します
emihat
emihat - (2017/12/21 (木) 12:18)
2017 Quantifying the regulatory effect size of cis-acting genetic variation using allelic fold change を読みます。
MasatoMiyahara さんが読まれる論文のアレルスペシフィックな発現解析を使っているようなので、発表順番をその次にしていただけると話の流れがスムーズかもです。
n0rr
n0rr - (2018/01/05 (金) 15:07)
Profiling adaptive immune repertoires across multiple human tissues by RNA Sequencing
https://www.biorxiv.org/content/early/2017/03/25/089235
を担当します
n0rr
n0rr - (2018/01/05 (金) 15:08)
残ってるのは以下の4つだと思います

Integrating tissue specific mechanisms into GWAS summary results: https://www.biorxiv.org/content/early/2017/10/03/045260

Estimating the causal tissues for complex traits and diseases
Ongen H, Brown AA, Delaneau O, Panousis NI,
n0rr
n0rr - (2018/01/05 (金) 15:09)
Predicting causal variants affecting expression by using whole-genome sequencing and RNA-seq from multiple human tissues

A Novel Approach to High-Quality Postmortem Tissue Procurement: The GTEx Project
taendo
taendo - (2018/01/10 (水) 20:51)
#22 Improving genetic diagnosis in Mendelian disease with transcriptome sequencing
担当としていますが、
Estimating the causal tissues for complex traits and diseases
担当に変更させて下さい。前者も他に代わる方がいなければ簡単に紹介します。
Y-h. Taguchi
Y-h. Taguchi - (2018/03/03 (土) 17:18)
#03 共有OKです。

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