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ISMB 2016読み会

日時 :
2016/08/17 (水) 10:30 ~ 18:00
定員 :
50人
会場 :
慶應義塾大学日吉キャンパス来往舎2F中会議室(神奈川県横浜市港北区日吉4-1-1)
URL :
http://www.hc.keio.ac.jp/ja/hiyoshi_campus/guide/
主催者 :
ハッシュタグ :
#ismb2016yomi

概要

一昨年「ISMB 2014読み会」、 昨年「ISMB/ECCB 2015読み会」に引き続き、 本年度もISMBの読み会を開催します。

ISMBは、生命情報学に関するアルゴリズムや数理モデルなど情報科学よりの研究を対象とした国際会議で、バイオインフォマティクス分野で最大かつ最難関のトップカンファレンスです。

ISMBに採択された口頭発表のProceedingsはBioinformatics誌の特集号として出版されます。 今年は42報のProceedings論文 が出ています。

「ISMB読み会」は、バイオインフォマティクス分野最大の国際会議に採択された論文の概要をなるべく多く知ることによって、分野全体の流行を手っ取り早く把握することを目的としています。トップのレベルを感じることによって、どうすれば世界を相手に戦うことができるか、参加者全員で考える機会になることを期待します。

現在、発表者を募集しています。論文1本当たり15-20分程度で紹介していただく予定です。奮ってご参加ください。聴講だけのご参加ももちろん歓迎です。

発表希望の方へ

参加登録の後、読みたい論文をここから選んで下のコメント欄に書き込んでください。対象となる論文は、Bioinformatics 32(12):i8-i387の間の論文です。そこより下はISMBとは関係ない論文ですので選択しないでください。

発表者の募集は締め切りました。

発表の際には、以下のことに注意していただけると良いと思います。

  • 発表時間が限られていますので、可能な限り詳細は省き、エッセンスのみを発表するようにしてください。例えば、この論文のどこがすごいのか、なぜISMBに採択されたのか、などに絞って説明していただけるとわかりやすいです。
  • 詳細については、発表を聞いて興味をもった聴講者が自身で論文を読んでください、というスタンスで結構です。

聴講希望の方へ

もちろん歓迎です。参加登録をお願いします。ただし会場がそれほど広くないため、もし万が一参加希望者が溢れた場合には、聴講のみの方にはご遠慮願うかもしれません。あしからずご了承ください。

タイムテーブル

座長:佐藤@慶大

10:30-10:35 趣旨説明

10:35-10:50 佐藤@慶大
SHARAKU: an algorithm for aligning and clustering read mapping profiles of deep sequencing in non-coding RNA processing

10:50-11:05 福永@早大
RCK: accurate and efficient inference of sequence- and structure-based protein–RNA binding models from RNAcompete data

11:05-11:20 河口@東大
RNAiFold2T: Constraint Programming design of thermo-IRES switches

11:20-11:35 三宅@東大
A novel algorithm for calling mRNA m6A peaks by modeling biological variances in MeRIP-seq data

11:35-11:50 黒木@東大
What time is it? Deep learning approaches for circadian rhythms

11:50-12:05 樋口@東京医歯大
DrugE-Rank: improving drug–target interaction prediction of new candidate drugs or targets by ensemble learning to rank

12:05-13:00 昼食

座長:尾崎@理研

13:00-13:15 宮本@国立がん研
Jumping across biomedical contexts using compressive data fusion

13:15-13:30 斎藤@産総研
Comparative analyses of population-scale phenomic data in electronic medical records reveal race-specific disease networks

13:30-13:45 露崎@理研
A novel method for discovering local spatial clusters of genomic regions with functional relationships from DNA contact maps

13:45-14:00 阿部@慶大
Convolutional neural network architectures for predicting DNA–protein binding

14:00-14:15 松本@理研
Influence maximization in time bounded network identifies transcription factors regulating perturbed pathways

14:15-14:30 休憩

座長:福永@早大

14:30-14:45 田口@中央大
A cross-species bi-clustering approach to identifying conserved co-regulated genes

14:45-15:00 芳村@理研
Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation

15:00-15:15 尾崎@理研
Prediction of ribosome footprint profile shapes from transcript sequences

15:15-15:30 服部@情数研バイオ
RapMap: a rapid, sensitive and accurate tool for mapping RNA-seq reads to transcriptomes

15:30-15:45 鈴木@富士通
Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory

15:45-16:00 休憩

座長:斎藤@産総研

16:00-16:15 大上@東工大
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock

16:15-16:30 小寺@東工大
Simultaneous prediction of enzyme orthologs from chemical transformation patterns for de novo metabolic pathway reconstruction

16:30-16:45 松井@東大
Data-driven mechanistic analysis method to reveal dynamically evolving regulatory networks

16:45-17:00 柳澤@東工大
Structure-based prediction of transcription factor binding specificity using an integrative energy function

17:00-17:15 山田@お茶大
CMsearch: simultaneous exploration of protein sequence space and structure space improves not only protein homology detection but also protein structure prediction

当日のネットワーク環境について

eduroamが使えます。その他にゲスト用WiFiを用意します。

懇親会

18:00ぐらいから有志で懇親会を行う予定です。

世話人

佐藤健吾@慶大、齋藤裕@産総研、尾崎遼@理研、福永津嵩@早大

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Y-h. Taguchi
Y-h. Taguchi - (2016/06/30 (木) 10:45)
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i137.abstract
A cross-species bi-clustering approach to identifying conserved co-regulated genes
やります。
Mas Kot
Mas Kot - (2016/06/30 (木) 10:50)
Simultaneous prediction of enzyme orthologs from chemical transformation patterns for de novo metabolic pathway reconstruction
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i278.long
を発表させていただきます。よろしくお願い致します。
fukunagaTsu
fukunagaTsu - (2016/06/30 (木) 11:40)
RCK: accurate and efficient inference of sequence- and structure-based protein–RNA binding models from RNAcompete data http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i351.abstract を発表させていただきます。
stkng
stkng - (2016/06/30 (木) 11:44)
手前味噌ですが "SHARAKU: an algorithm for aligning and clustering read mapping profiles of deep sequencing in non-coding RNA processing" http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i369.abstract を発表させていただきます。佐藤@慶大
gggtta
gggtta - (2016/06/30 (木) 12:14)
Influence maximization in time bounded network identifies transcription factors regulating perturbed pathways http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i128.abstract を読みます。よろしくお願いいたします。
antiplastics
antiplastics - (2016/06/30 (木) 14:23)
A novel method for discovering local spatial clusters of genomic regions with functional relationships from DNA contact mapsを担当します。
nakaneko143
nakaneko143 - (2016/06/30 (木) 14:31)
Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i147.abstract を読みます
HIGUCHI, Chihiro
HIGUCHI, Chihiro - (2016/06/30 (木) 15:03)
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i18.abstract DrugE-Rank: improving drug–target interaction prediction of new candidate drugs or targets by ensemble learning to rank をやってみたいと思います。
yuifu
yuifu - (2016/06/30 (木) 21:03)
Prediction of ribosome footprint profile shapes from transcript sequences を読みます
qm_network
qm_network - (2016/06/30 (木) 23:11)
Data-driven mechanistic analysis method to reveal dynamically evolving regulatory networksをやります.宜しくお願い致します.
tonets
tonets - (2016/07/01 (金) 08:35)
Finding correct protein–protein docking models using ProQDock
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i262.full を読みます
yanagi3150
yanagi3150 - (2016/07/01 (金) 09:57)
Structure-based prediction of transcription factor binding specificity using an integrative energy function
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i306.full
をやります。よろしくお願いします。
Ken Kuroki
Ken Kuroki - (2016/07/01 (金) 10:09)
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i8.full What time is it? Deep learning approaches for circadian rhythms を読ませていただきます。よろしくお願いします。
emihat
emihat - (2016/07/01 (金) 10:21)
RapMap: a rapid, sensitive and accurate tool for mapping RNA-seq reads to transcriptomes
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i192.full
を読みたいです。よろしくお願いします。
shu65
shu65 - (2016/07/01 (金) 20:27)
Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
を読みます。よろしくお願いします
Yutaka Saito
Yutaka Saito - (2016/07/04 (月) 14:47)
Comparative analyses of population-scale phenomic data in electronic medical records reveal race-specific disease networksを読みます。斎藤@産総研
arthurian522
arthurian522 - (2016/07/05 (火) 23:45)
Convolutional neural network architectures for predicting DNA–protein bindingを読みます。
iyak
iyak - (2016/07/08 (金) 17:26)
A novel algorithm for calling mRNA m6A peaks by modeling biological variances in MeRIP-seq dataを読みます。三宅@柏
daichi yamada
daichi yamada - (2016/07/12 (火) 17:08)
CMsearch: simultaneous exploration of protein sequence space and structure space improves not only protein homology detection but also protein structure predictionを読みます。宜しくお願い致します。
山田@お茶大
ぷ...
ぷ... - (2016/07/13 (水) 15:28)
RNAiFold2T: Constraint Programming design of thermo-IRES switchesを読みます。かわぐち@東大
Y-h. Taguchi
Y-h. Taguchi - (2016/08/13 (土) 14:07)
http://www.slideshare.net/yhtaguchi/a-crossspecies-biclustering-approach-to-identifying-conserved-coregulated-genes
当日のスライドあげました(また直すかも)。
mathew123
mathew123 - (2016/10/25 (火) 18:10)
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jasika
jasika - (2017/02/08 (水) 20:14)
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