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ISMB/ECCB 2015読み会

日時 :
2015/08/10 (月) 10:00 ~ 18:00
会場 :
東京大学 理学部三号館 412号室(東京都文京区弥生2-11-16)
主催者 :

○概要

昨年度の「ISMB2014読み会」( https://atnd.org/events/53949 )に引き続き、本年度もISMB/ECCBの読み会を行います。

今年は43報のProceedings論文が出ています。
ISMB/ECCB 2015 PROCEEDINGS
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/31/12.toc

○会場へのご案内
根津駅1番出口を出るとすぐ右側に交差点があるので、標識にある「言問通り」をすぐに登り坂がある方へと進みます。登り坂を上がりきると信号がありますが、その少し手前、左手道路沿いに東京大学の大型車用の通用門があります。通用門から構内に入り、ビルとビルの合間を道なりに真っ直ぐ進んでいきます。途中、右手に武田先端知ビル、低温センター、情報基盤センターがあり、その先にある「理学部3号館」と玄関の上に書かれた建物になります。

○タイムテーブル
発表者の方へ

- 発表時間は、質疑を含めて15分となります。発表12分、質疑3分ぐらいを目安でお願いします。
- 発表時間が短いので、可能な限り詳細は省き、エッセンスのみを発表するよ
うにしてください。例えば、この論文のどこがすごいのか、なぜISMBに採択
されたのか、などに絞って説明していただけるとわかりやすいです。
- 詳細については、発表を聞いて興味をもった聴講者が自身で論文を読んでく
ださい、というスタンスで結構です。

座長:佐藤@慶大

10:00-10:20
1.佐藤@慶大 Misassembly detection using paired-end sequence reads and optical mapping data

10:20-10:35
2.田口@中央大 Integrating different data types by regularized unsupervised multiple kernel learning with application to cancer subtype discovery

10:35-10:50
3.土橋@がん研 Inferring models of multiscale copy number evolution for single-tumor phylogenetics

10:50-11:05
4.岩崎@東大 Knowledge-driven geospatial location resolution for phylogeographic models of virus migration

11:05-11:20
5.芳村@理研 Exploiting ontology graph for predicting sparsely annotated gene function

11:20-11:35
6.福永@東大 Using collective expert judgements to evaluate quality measures of mass spectrometry images

昼食

座長:尾崎@理研

12:30-12:45
7.鈴木@富士通 De novo meta-assembly of ultra-deep sequencing data

12:45-13:00
8.齋藤@産総研 Reconstructing 16S rRNA genes in metagenomic data

13:00-13:15
9.今田@東大 ASTRAL-II: coalescent-based species tree estimation with many hundreds of taxa and thousands of genes

13:30-13:45
10.宮本@NCC Reconstruction of clonal trees and tumor composition from multi-sample sequencing data

13:45-14:00
11.松本@東大 Robust reconstruction of gene expression profiles from reporter gene data using linear inversion

14:00-14:15 休憩

座長:齋藤@産総研

14:15-14:30
12.尾崎@理研 Reconstructing gene regulatory dynamics from high-dimensional single-cell snapshot data

14:30-14:45
13.露崎@理研 Inferring orthologous gene regulatory networks using interspecies data fusion

14:45-15:00
14.大前@産総研 Deconvolving molecular signatures of interactions between microbial colonies

15:00-15:15
15.小寺@東工大 Metabolome-scale de novo pathway reconstruction using regioisomer-sensitive graph alignments

15:15-15:30
16.松井@東大 Exploring the structure and function of temporal networks with dynamic graphlets

15:30-15:45 休憩

座長:福永@東大

15:45-16:00
17.市川@東大 Inferring parental genomic ancestries using pooled semi-Markov processes

16:00-16:15
18.樋口@東京医科歯科大学 Integrative random forest for gene regulatory network inference

16:15-16:30
19.大上@東工大 Improving compound–protein interaction prediction by building up highly credible negative samples

聴講希望の方へ

聞くだけの方も歓迎です。どうぞご参加ください。
Twitterのハッシュタグは#ISMBreadings2015です。

○懇親会

終了後に有志で懇親会を開催する予定です。

○世話人

佐藤健吾、齋藤裕、尾崎遼、福永津嵩

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fukunagaTsu
fukunagaTsu - (2015/06/22 (月) 11:43)
Using collective expert judgements to evaluate quality measures of mass spectrometry imagesを読みます。 福永@東大D3
yuifu
yuifu - (2015/06/22 (月) 19:47)
"Reconstructing gene regulatory dynamics from high-dimensional single-cell snapshot data" を読みます。よろしくお願いします。尾崎@理研
Mas Kot
Mas Kot - (2015/06/22 (月) 19:52)
執筆者本人ですが Metabolome-scale de novo pathway reconstruction using regioisomer-sensitive graph alignments を宣伝させていただきます。
gggtta
gggtta - (2015/06/22 (月) 20:12)
Robust reconstruction of gene expression profiles from reporter gene data using linear inversionを読む所存です。 松本@東大D3
Y-h. Taguchi
Y-h. Taguchi - (2015/06/23 (火) 09:23)
Integrating different data types by regularized unsupervised multiple kernel learning with application to cancer subtype discoveryを読みます。あと、その日は夜から海外渡航なのでプログラム作るときはあんまり後ろにしないでくれると助かります。
antiplastics
antiplastics - (2015/06/23 (火) 11:37)
Inferring orthologous gene regulatory networks using interspecies data fusionを読みます 露崎@理研
ahne
ahne - (2015/07/08 (水) 15:04)
"Inferring parental genomic ancestries using pooled semi-Markov processes."を読みたいと思います。市川@東大M1
HIGUCHI, Chihiro
HIGUCHI, Chihiro - (2015/07/09 (木) 17:03)
Integrative random forest for gene regulatory network inference をやってみます。樋口@東京医科歯科大学
Yutaka Saito
Yutaka Saito - (2015/07/13 (月) 20:47)
Reconstructing 16S rRNA genes in metagenomic dataを読みます。齋藤@産総研
qm_network
qm_network - (2015/07/14 (火) 21:41)
Exploring the structure and function of temporal networks with dynamic graphletsを読みます.よろしくお願いいたします.松井@東大
tiyon
tiyon - (2015/07/14 (火) 22:31)
ASTRAL-II: coalescent-based species tree estimation with many hundreds of taxa and thousands of genesを読みます。よろしくお願いします。 今田@東大M1
tonets
tonets - (2015/07/15 (水) 11:40)
Improving compound–protein interaction prediction by building up highly credible negative samples読みます 大上@東工大
stone_rain_cloud
stone_rain_cloud - (2015/07/15 (水) 20:22)
"Deconvolving molecular signatures of interactions between microbial colonies"をやってみようと思います。モデル化の論文を読むのも参加も初めてですがよろしくお願いいたします。大前@産総研
shu65
shu65 - (2015/07/16 (木) 21:16)
De novo meta-assembly of ultra-deep sequencing data読みます。鈴木@富士通研
stkng
stkng - (2015/07/16 (木) 21:29)
Misassembly detection using paired-end sequence reads and optical mapping dataを読みます。佐藤@慶大
Akitod
Akitod - (2015/07/18 (土) 16:07)
Inferring models of multiscale copy number evolution for single-tumor phylogenetics open accessで見つけたので、これ読みます。初めてなので、よろしくお願いします。 土橋@がん研
nakaneko143
nakaneko143 - (2015/07/21 (火) 17:54)
Exploiting ontology graph for predicting sparsely annotated gene functionをよみます。芳村@理研
iwasakiw
iwasakiw - (2015/07/28 (火) 14:13)
Knowledge-driven geospatial location resolution for phylogeographic models of virus migrationでお願いします。岩崎@東大
naotous
naotous - (2015/08/05 (水) 14:52)
大変興味があるのですが、当日参加できません。もし発表スライドの共有、レコーディングなどありましたら、とても嬉しいです。よろしくお願い致します。臼山@Microsoft
stkng
stkng - (2015/08/10 (月) 13:29)
臼山様、ありがとうございます。今回、全体で共有ということは行っておりません。発表者によっては slideshare などで公開しておりますので、twitterで#ISMBreading2015を検索していただければと思います。佐藤@慶大

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